Muito se fala da facilidade que a jQuery tem em usar a sintaxe de CSS para selecionar elementos do DOM, o que facilita a vida de quem tem forte conhecimento em CSS. Mas poucos sabem que a prototype desde a versão 1.5 (agora está na 1.6.0.3) possui algo semelhante.

Enquanto na jQuery se utiliza o $ para fazer qualquer tipo de seleção (retornando ou um objeto ou uma lista), na prototype se utiliza o $ para selecionar um objeto pelo id dele e a função $$ para selecionar pelas regras do CSS, retornando um objeto Array da prototype (que é um objeto que extende o Array do javascript).

Vamos a um exemplo prático. Tendo o seguinte html:

<div>
   <ul id="main-nav">
      <li>abc</li>
      <li>fgh</li>
   </ul>
   <ul id="nav">
      <li>abc</li>
      <li>fgh</li>
      <li>abc</li>
      <li>fgh</li>
   </ul>
</div>

usando a função $$, você pode tentar retornar os elementos da seguinte forma:

$$("div ul"); //retorna as duas listas
$$("div.container ul"); //não retorna
$$("div ul#main-nav"); //retorna as lista com id main-nav
$$("div ul#main-nav li"); //retorna os itens de lista da lista com id main-nav
$$("div ul#main-nav li:first-child"); //retorna o primeiro item de lista da lista com id main-nav

A versão 1.6 (atual) suporta seletores do CSS3. Veja na documentação oficial quais são eles.

Uma coisa importante é notar que essa implementação é totalmente crossbrowser e que não está ligada a capacidade do browser de interpretar o CSS (ou seja, um browser que não entende seletores do CSS3 consegue pela prototype usar a função $$ igualmente a um browser que interprete o CSS3).

Quer ver esse código funcionando? Veja nesse html.